شفقت علی‌خان، سخنگوی وزارت امور خارجه‌ی پاکستان، هند را به دست داشتن در حمله به قطار مسافربری «جعفر اکسپرس» متهم کرده و گفته است که تماس‌های رهگیری‌شده، ارتباط مهاجمان با «همکاران» آن‌ها در افغانستان را نیز تأیید می‌کند.
او افغانستان را «پناهگاه امن» برای هراس‌افگنان خوانده و تأکید کرده که اسلام‌آباد بارها از طالبان خواسته است تا مانع استفاده‌ی گروه‌های هراس‌افگن، از جمله ارتش آزادی‌بخش بلوچستان، از خاک افغانستان شود.
سخنگوی وزارت خارجه‌ی پاکستان همچنین اظهار داشته که این کشور در مجامع عمومی درباره‌ی تماس‌های دیپلماتیک با کابل صحبت نمی‌کند، اما بارها شواهدی را در اختیار طالبان قرار داده است.
او در عین حال بر عزم پاکستان در مبارزه با هراس‌افگنی تأکید کرده و گفته است که اسلام‌آباد بر تقویت روابط دوستانه با افغانستان تمرکز دارد.
گفتنی است این حمله بزرگترین شوک امنیتی را در پاکستان ایجاد کرده که یک گروه یک‌کشور بزرگ‌را به چالش می کشد